Fakulta filozofická Univerzity Pardubice patří sice mezi ty nejmladší fakulty v republice, ale už má za sebou dvě desetiletí fungování, kterými ji provedli tři děkani (resp. děkanky), renomovaní odborníci ve svých oborech. Nevznikla také na zelené louce; její kořeny je možné nalézt už krátce po Sametové revoluci. V roce 1992 totiž vznikl na tehdejší Vysoké škole chemicko-technologické v Pardubicích Ústav cizích jazyků, přejmenovaný v roce 1995 na Ústav jazyků a humanitních studií (ÚJHS). Původní hlavní zaměření ÚJHS na výchovu budoucích učitelů cizích jazyků pro základní školy a gymnázia se brzy začalo rozšiřovat o nové humanitní a sociálně vědní programy. Zavádění nových bakalářských studijních oborů pak vyústilo v přeměnu ústavu na Fakultu humanitních studií v roce 2000 (oficiálně od 1. 1. 2001).
První děkankou nové fakulty se stala prof. PhDr. Milena Lenderová, CSc., historička a dosavadní ředitelka ÚJHS. Za jejího působení v letech 2001-2007 byla dotvořena organizační struktura fakulty a stabilizována jednotlivá pracoviště. Tehdy měla fakulta šest kateder. Jednalo se o Katedru anglistiky a amerikanistiky (KAA), Katedru cizích jazyků (KCJ), Katedru historických věd (KHV), Katedru religionistiky a filosofie (KRF), Katedru sociálních věd (KSV) a Katedru věd o výchově (KVV). Bakalářské studium bylo na většině kateder rozšířeno o navazující magisterské studium a v roce 2005 byl akreditován doktorský studijní program Historické vědy. K 1. 12. 2005 byla fakulta přejmenována na Fakultu filozofickou. Tehdy na fakultě studovaly skoro dva tisíce studentů.
V roce 2007 byl zvolen nový děkan prof. PhDr. Petr Vorel, CSc., opět historik (podruhé zvolen v roce 2011). V následujících letech se podařilo dále posilovat pozici fakulty mezi českými humanitními fakultami. Projevilo se to v zisku práv pro habilitační řízení a řízení ke jmenování profesorem v oboru České a československé dějiny. V roce 2010 byly akreditovány další dva doktorské studijní obory, Filosofie a Religionistika. Za působení druhého děkana došlo k rozšíření počtu pracovišť na osm. Došlo totiž k rozdělení původní Katedry historických věd na Ústav historických věd a Katedru literární kultury a slavistiky a původní Katedra religionistiky a filosofie se též rozdělila na dvě samostatná pracoviště.
V roce 2015 se stal třetím děkanem fakulty prof. PhDr. Karel Rýdl, CSc., respektovaný pedagog. Za jeho působení se v roce 2017 podařilo díky zisku významného projektu zřídit při Katedře filosofie mezinárodní pracoviště Centrum pro etiku (The Centre for Ethics as Study in Human Value), jehož vedoucím se stal Švéd doc. Niklas Forsberg, Ph.D. V roce 2018 pak fakulta uspěla také v nových akreditacích a získala institucionální akreditaci v programu Historické vědy. V těchto letech došlo ke snížení počtu studentů, takže v roce 2019 studovalo na fakultě necelých 1100 studentů.
Od 1. listopadu 2019 je novým děkanem fakulty doc. Mgr. Jiří Kubeš, Ph.D., historik raného novověku, který byl dlouhá léta ve vedení ústavu historických věd a v letech 2011-2013 a 2017 působil jako předseda Akademického senátu Univerzity Pardubice. V současnosti fakulta nabízí na sedmi pracovištích studium 17 bakalářských, šesti magisterských a dvou doktorských programů (Historické vědy a Filosofie) a ve vědeckých výsledcích se dostala na druhé místo ze sedmi fakult Univerzity Pardubice. Nejpodstatnější vědecké výsledky vznikají zejména na Ústavu historických věd a na Centru pro etiku, resp. na Katedře filosofie a religionistiky.
Další čtyřleté funkční období děkana Fakulty filozofické začalo 1. listopadu 2023.
